連想配列が時々おかしくなる件、スクリプト起動時に一度だけファイル読み込みを行う仕様から
数十回読み出し毎に連想配列初期化してファイルから読み直すようにしたら問題出なくなった

長時間保持するとおかしくなる？
よくわからん