いただいた情報を元にMacrium Reflect各リリースバージョンの削除/再インストールを行いながら
>>439の④を検証してみました
V7.1.3196(2018/05/03) →NG
V7.1.3169(2018/04/24) →NG
V7.1.2885(2018/02/01) →NG
というわけで、5月からおかしくなったというのは私の思い違いで
ずっと以前から運用形態④では正常なバックアップデータが生成されていなかったものと思われます。

手元にV6.3のインストーラもあったので試してみました
V6.3.1821(2017/06/07) →OK!
V6.3.1855(2018/03/17) →OK! (V6.3現状最新版)

何とV6.3では④でも正常なバックアップデータが生成されました!
メジャーバージョンの何らかの仕様の違いで影響を受けていたようです

特殊な運用形態での相性問題だと考えられ今後の改善は望み薄だと思うので
V6.3に戻すかあるいは運用方法を変えるか検討したいと思います

また、ちょっと特殊な運用方法やベンダ跨がったシステムを運用する際における
ベリファイ機能の有用性とリストア検証の大事さを思い知らされました

お騒がせしてすみませんでした