>>103 確認ありです。結果から色々考えてしまったよ。
まず、テストしてもらったDolphin.exeは、DirectInput(Keyboard&Mouse)の部分で疑わしい箇所を修正したものだったが、それでもダメってことなので、DirectInput自体は問題ない。
次に、DisplayDriverについては、公式Forum等にも類似するような事象の投稿が見当たらないことから、疑いから除外できると思う。
これでオレもモニュってなるわけで、もう少し情報が欲しい。
障害切り分け判断するため、開発版PPSSPPをDLして、起動まででもいいから試してくれんか。(OpenGL/DX9/Valkanそれぞれで)
結果、問題あれば、おま環かなと。
問題なければVS2015ランタイムは疑いから除外でき、Dolphin自体のせいが濃厚となる。

パターン４＆６の結果はもうソフトウェアとして事故レベルの致命的障害。。。

>>102への追記として
　・パターン７：PC再起動後、Dolphinを起動してNull&非FullScreenに設定後、ゲームを起動しゲーム画面（真っ黒でゲーム音だけ）が表示された後にマウスの挙動を確認。
　・パターン８：パターン７の後、Dolphinを終了させてマウスの挙動を確認。
　・パターン９：PC再起動後、Dolphinを起動してOpenGL&非FullScreenに設定後、ゲームを起動しゲーム画面が表示された後にマウスの挙動を確認。
　・パターン１０：パターン９の後、Dolphinを終了させてマウスの挙動を確認。

推測では、パターン７＆８は問題なしで、９＆１０は問題ありかなと。

ちなみに今更だが、3DBench系(3DMark11とかFFとかDQXとかPSO2とか)では何ら問題ないの？