BizHawkだけじゃなくウインドウ位置をきちんと記憶しない系アプリには生成されたウインドウを自動で中央寄せする外部アプリが便利
自分はDisplayFusionを使ってる。有料だけどプロセス名とかタイトルバーに文字列xを含むとか細かく条件を指定できて便利
無料だとかなり簡易的だけどWindows Centering Helperってのがあるみたい

単に画面からはみ出て位置動かせなくて困ってるって話ならAlt押しながらウインドウ枠を掴んでドラッグみたいなツールでも可