>>711
そうですね
といってもエンコーダはflacの公式で落としたバイナリを使ったので
問題があるとすれば処理をflacのライブラリに渡すときに
MusicBee側が何かやらかしてる感じですかね（適当）

とりあえずfoobar2000を噛ませて変換したものは
そのあとMusicBeeに持ってきて煮るなり焼くなりしても問題は一切起きなかった
でも結局のところエクスプローラでブラウジングしたり
Groove使わない方には関係ない話ですね
一応、もし同じような現象の人がいたら参考にしてみて下さい
長々とお騒がせしました…