確認ウインドウ　次のファイルが存在していません - ライブラリから削除しますか？
で「いいえ」を選んだ事がある場合はデッドリンクが残り続ける

ファイル→フォルダをスキャン
で再スキャンを行えば再度デッドリンクの確認ウインドウが出てくるので「はい」を選ぶ

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今後自動的にデッドリンクの削除をしたい場合

編集→設定→ライブラリ

音楽ライブラリ
「起動時に更新または欠落したファイルをチェックする」にチェック

監視対象のフォルダ
「継続して監視する」にチェック

設定→全般→確認
「ライブラリの再スキャン時のデッドリンクの除去を確認する」
のチェックを外す