>>625
dpiは入出力デバイスの設定なのでwaifu2xの処理はそこに関与しません。
画像のメタデータに特に気を使っていないので印刷サイズには既定値が入っているのだと思います。
印刷や入稿等で必要なら別の方法で再設定出来ると思います。