一応連絡です(作者の人ではないのですが)
waifu2x-c/c with Batchfile and HTA-GUIをご利用中の方へ

・画像アップロードでウェブサイトを乗っ取られる攻撃が進行中--「ImageMagick」脆弱性
http://japan.zdnet.com/article/35082361/
というニュースが少し前より出ております。
念のため、最新のImageMagickに更新されておいた方がいいかと思います。

・ImageMagickダウンロードページ
http://www.imagemagick.org/script/binary-releases.php#windows
(種類がいろいろあるようですが、ImageMagick-7.0.1-3-Q16-x64-dll.exeでよいかと思います。)

なお更新するにあたって、事前に古いバージョンを手動削除し、念のためCCleaner等できれいにしてから最新版をインストールされた方がいいと思います。
(手動で削除しないと古いバージョンが残ったままになってしまうため)

・インストール時の注意点
途中で「Select Additional Tasks」の画面が表示されたら

上から2番目
Add application directory to your system path

1番下
Install ImageMagickObject OLE Control for VBscript,Visual Basic,and WSH

この2点に必ずチェックが入った状態にして先に進めること。