ふと思ったんですが
コメントの透過じゃなく、点滅って導入できませんかね？

コマ送りすれば、コメントの全く被っていないフレームを拾うことが出来る動画になります。
多少チカチカしますが透過に類似した効果を得られます。
某プレイヤーでコメントオン/オフのキーを押しっ放しにしてる間だけ可能な現象で、動画によってはそれなりに視聴効率が良いです。