コメント焼き付け以外の動画変換はffmpegのオプション設定に依存しているはずなので
saccubus.xmlか、動画設定→出力オプションを見て
-aspect が16:9になってたり
-s(もしくは-vf scale=) が640:360など16:9比率になってないかチェック
なってたら4:3とか640:480とかの適した比率に書き換え、きちんと更新してから変換してみる