作業フォルダが指定されていないとそうなる(SNE時代から同理由での問題あり)
ショートカット作ってそれを叩くほうがいいよ
ついでにSyncSNEも同理由でログが変な場所に作られるなど挙動が変わる

あとここからは完全に好みだけど、batだと起動時にプロンプト窓が出て邪魔だから
スクリプトかタスクスケジューラで起動したほうがすっきりすると思う