「2ch思い出(2)」「BBSPINK」「deleted」 から察するに
http://wiki.zonubbs.net/index.php?%B9%B9%BF%B7%CD%D1%A5%DC%A1%BC%A5%C9%B0%EC%CD%F7
の下の注意書きの

＞ホットゾヌ2はその仕様上、同じ名前のフォルダがひとつのボード一覧上に複数あるとその度に板移転とカウントしますので、ダブりの少ないものを選びましょう。
＞また、ダブりがあった場合先に載っているサーバの設定になるのでご注意ください。
＞(例：　aaa.2ch.net/hoge/　と　bbb.2ch.net/hoge/があった場合、aaa.2ch.netの方が優先されてその設定となり、板名表記が違っていてもaaaのほうになる。

の状態になったんじゃなかろうか
これを回避するには過去ログサーバ抜きのボード一覧URLを使って更新してみるといいかも
俺は
http://www.zonubbs.net/bbsmenu2.html
を使ってるけど、問題なく使えてるよ