問題が解決しました。
アドバイスのおかげです。

filetype plugin indent on は vandle#end の後に書かないといけないのですね。

vubdle 導入時にどこかのブログから基本設定をコピペしてきて、
そこに後は入れたいプラグインをvundle#begin と vundle#end で挟んで書くだけとあったので、
そのままコピペした設定の後ろ (filetype plugin ... の後ろ) に追加していました。

vundle が何をやっているのかとか、filetype の仕組みとか、色々勉強になりました。