nextcluud 9 から毎回 updater でアップデートしてるけど躓いたことはないなぁ
今日もクリックするだけで 12.0.3 にアップデートできました

> dataフォルダも丸ごとバックアップかけようとしているのでしょうか？

data ディレクトリとデータベースは対象外です

> たいてい最初の段階のバックアッププロセス辺りでエラーで失敗します。

data ディレクトリの updater.log に何か書いてないですか