>>148
nginxのことは知らないので、何故かはわからないが、nginxは
GET /owncloud/index.php/apps/files/
というブラウザからのリクエストを、素直に解釈して
/var/www/html/owncloud/index.php/apps/files/index.php
というファイルを読もうとしたが、パスの途中の　/var/www/html/owncloud/index.php　が
ディレクトリではなく(20: Not a directory)、ファイルなので、/var/www/html/owncloud/index.php/apps/files/index.php
というファイルはありません。よって404ですよ、と言ってるようですよ。

ログイン直後にリダイレクトされるアドレス(パス)の設定にミスがあるのでは？