セクターコピーできる無料のソフトなんてググると幾つも出てくるのに
TIじゃないとだめ？ファイル単位でコピーしたいってこと？

送り側の読めない不良セクタはスキップしてベタコピーするだけでよいでしょ
代替セクタごと、というか代替処理マークごと受け側へコピーするのが嫌ならすまん