TrueTypeフォント編集するときは、作業途中でも
sfdファイルじゃなくて[ファイル-フォントに出力]でttfを出力してる。
グリフ欠落ではなかったけど、sfdに出力して読み込んだら違うことがあって
sfdをあまり信頼できなかった過去の経験から。
[varidation]のチェックを外すとsfdより保存も早いし。
ttf出力→ttf読み込みで作業続行しても問題ない感じだ。

FontForgeはLinuxでも不安定なのは変わらないよな。
今のunofficial fontforge-cygwinは（これでも）今までのと比べてずいぶん安定してると思う。