> どういう状態になっちゃってるんでしょうか

グリフのアウトラインが交差してるという事
(-1,0)→(1,0)→(0,1)→(0,-1)→(-1,0)と描くと、(0,0)で交差するでしょ

> 一旦バラすとは、読み込んだＭＳＰゴシックをsfdファイルとして保存することですか？

まぁ、好きにすればいいけど、スクリプト書いて、例えば

#!/usr/local/bin/fontforge -script

msg = "msgothic.ttf"

i = 0
while (i < 65536)
Open(msg)
Select(i, i + 100)
Export("どこか/U"+"%u.svg")
i = i + 100
endloop

とかやると、「どこか」のディレクトリに一文字ずつUxxxx.svgとかのファイル名でsvgに変換できる
その後で、またスクリプト書いてマージするって話