どの日本語環境使ってるかわかんねえーけど
Pleiades使ってんならバージョンあげても大丈夫。
nlpackの言語パックならバージョンあげたら日本語環境が解除される。
理由は分からん。

Program Files\Aptana\Aptana Studio 3\configuration\config.ini
をごにょごにょしてもダメだった。おれはWinだけどな。