これ県の言い分しか書かれてないから本当のところは分からんな

>県は富士電機ITソリューションズに対し「拡張子が大文字なのは仕様なのか」という趣旨の質問をしたという
>仕様を尋ねたのは確かだが、改修をお願いしたかは確認中

この辺が怪しく感じる