多分Pythonは入門用言語になってしまって裾が広いから平均年収が下がったというだけだろ。
プログラミングしか知らないわけではなく、別の目的のために手段としてPythonを選択するという層は結構稼いでいると思うぞ。
データサイエンス分野なら、Python vs Rという話題が何度も繰り返されるぐらいだ。

こういうのは、ある言語を勉強したから年収が上がるという因果関係ではなく、
ある年収の高い分野ではマイナーな言語が支配的になっていて、逆説的にその言語の平均年収が上がるというカラクリに
なっているので注意が必要。

てか2,3個言語覚えたら他の言語も普通に使えるようになって当たり前なので、重要なのは言語選択じゃなくてその先にある技術だったり学術的実用的知識だったりするのは常識だよ。