現役の研究者だが、これはどうかと思うよ

「対象研究の経費のみに充てることができる」って建前はその通りだが
実際問題、自分の科研費だけでまともな研究なんかできやしない
教授に属するラボのリソース、機械とかスタッフとか利用しながら研究してんだから

教授のラボのスタッフとして准教授や助教が所属する講座制をとってる限り
予算の融通というか曖昧さが発生するのは避けがたい

曖昧な部分を無くしたいならアメリカみたいに大学の正規教員は皆
独立したPI（研究室主催者）というかたちにしなきゃ