海が綺麗になり過ぎたんじゃなく

山の土がやせて海に流れる栄養分が減る
→海のプランクトンが減る（＝餌をめぐって競合している海苔も減る）
じゃないの
川上の山林がヒノキや杉の人工林ばかりになった結果なのでは