その後の分子遺伝学の進歩から遺伝子の爆発的多様化はカンブリア爆発のおよそ3億年前に起こっていることが分かり、
カンブリア初期に短期間に大進化が起こったわけではないとの考え方が主流となった。
すなわちカンブリア爆発は「化石記録の」爆発的多様化であり、必ずしも進化的な爆発を意味しない。

1998年に進化生物学者で古生物学者のアンドリュー・パーカーはカンブリア爆発の原因として、
有眼生物の誕生による淘汰圧の高まりをあげた「光スイッチ説」を提唱した。
生物の歴史上、はじめて眼を持った生物（三葉虫）が生まれ、積極的に他者を捕食することによって眼をもっていない生物に対して有利となった。
眼と、硬組織を獲得した生物がその捕食に対抗できるようになったという説である。
そのために化石記録は短期間で爆発的に多様化したように見える。
パーカーはカンブリア爆発を「多くの門が同時期に一斉に硬組織を獲得した現象」と推定している。