$ du -k -d 1 | sort -r -h
みたいので容量の多い順にオーバーフローしたら次に小さいのが入るかどうかを試していく形で順番に詰めていけば良いんじゃないの？アルゴリズム的には非効率かもしれないけど直下のディレクトリ/ファイル数がくっそ多いわけでもなければそんな時間かからないと思う