>>139です
自分なりにググってはみたのですが解決策が見出せない状況です。
後出しで申し訳ないのですが、
file:///Users/？/Documents/？/NCMB.2.1.0.zip: warning: Missing file: /Users/？/Documents/？/NCMB.2.1.0.zip is missing from working copy
このエラーログも出ていましたので、心当たりとしては当初zipファイルのままで設定していたのを後で気づき解凍したNCMBフォルダに設定し直したのですがこのエラーログが消えません。
一通り見直しても解凍したNCMBフォルダに各種設定のパスはなっていますので当初の誤ったパス設定のせいでどこか不都合が起きてるのかと思うのですが見当がつきません。
ちなみにgitなどは使っていません。