リンクしてできるブツにはdylib内に記述してる名前(パス)がリンク先(というか検索最優先先かな)として登録される
故に libfreetype.6.dylib の中のソレが /usr/local/opt/freetype/lib/libfreetype.6.dylib なので、a.out の中も /usr/local/opt/freetype/lib/libfreetype.6.dylib

Homebrewは/usr/local/libにシンボリックリンクを置いておきたい(管理が楽とかなんだろう)からこんなちょっと変なこと(？)で利用してるが、バンドルパッケージ(.appとか)内にdylib/Frameworkを置いてそれを自ら利用って場合にはオモロイ使われ方がされる

リンクオプションで見るとこ指定すればいいんじゃないの？って、Homebrewでlibxml2インストールしたら

If you need to have libxml2 first in your PATH, run:
echo 'export PATH="/usr/local/opt/libxml2/bin:$PATH"' >> /Users/tell/.bash_profile

For compilers to find libxml2 you may need to set:
export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/libxml2/lib"
export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/libxml2/include"

For pkg-config to find libxml2 you may need to set:
export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/opt/libxml2/lib/pkgconfig"

って、あるやん
export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/libxml2/lib"
export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/libxml2/include"
を、./configure ... する前にしたらいいんじゃないの