拠点以外保存されないってのはプレイヤーにとっては賛否あるが、開発にとっては非常に楽なんよ、特にアーリーアクセスゲーは。
何が楽って、エリア追加なんかのアプデで地形を改変した際に、既存のセーブデータに対して何もパッチを当てなくても反映できるんだよ。
valheimだと探索済みのエリアには新要素が生成されない仕様だが、こっちは今のワールドでなんの問題もない。理論上は。
まぁ、拠点を建築済みの場所が改変されたら、気功砲みたいな地形が出来上がるかもしれんが。

それに、現状のセーブデータが小さいのは拠点以外を保存していないからなので、全部保存するようにするとなると、単純な実装であれば最大でゲームデータのほうの地形データ丸々と同じサイズになるわけよ。