整合性チェックは足りないものを足す作業でゲームフォルダのゴミが消えるわけじゃない
SE再インストールも普通にアンインストールしただけじゃゴミが残る
本当に掃除するならアンインストールした後にゲームフォルダをゴミ箱に放り込むくらいしないとダメです

modファイルはどのように導入してたか次第
MO使ってたんならとりあえず触らなくていい
真のノルドの直入れしてたorNMMまたはVortexで入れたmodをマネージャー経由で抜かず手動で消したんなら上の作業で一旦消した方がいいと思う
言っちゃ悪いけど復旧できないだろうから

セーブデータは消す必要はないけどmod環境を再現しないと使えないと思っていいからお好きにどうぞ