​うちのgeminiくん曰く
オーディオデータのキー変更についてですね。ご認識の通り、Cakewalk Sonarの「Groove Clip Looping」機能はオーディオクリップをプロジェクトのキーに合わせるために使いますが、ご質問の内容から判断すると、キーの自動追従機能の利用方法にご認識の違いがあるようです。

​認識の相違点
​まず、Groove Clip Looping機能の**「ルートノート」**の設定についてです。
​「ルートノート」は、元のオーディオクリップがどのキー(調)で録音されているかをDAWに教えてあげるための設定です。 スプライスに記載のキー(例えばA)をここに設定するのは正しいです。
​一方、**「プロジェクトのキーに追従」**にチェックを入れると、DAWがプロジェクトキーに合わせて自動でピッチを変更してくれます。
​なぜ違うピッチで流れるのか?
​元のキーがAのオーディオクリップをGroove Clip Loopingで設定し、プロジェクトキーもAにした場合、元のピッチで再生されるはずです。しかし、異なるピッチで流れる原因として、以下の可能性が考えられます。
​プロジェクトのキーが正しく設定されていない: 画面上部の拍子記号をクリックしてプロジェクトキーを設定する操作は正しいですが、設定が保存されていない、あるいは意図しないキー(例えばAではなくA#など)になっている可能性があります。
​「ルートノート」の設定ミス: スプライスに記載されているキーが、実はオーディオファイルの実際のキーと異なっている場合、DAWは間違った情報を基にピッチ変更を試みるため、意図しないピッチで再生されます。