KONTAKTとかプラグインのGUIにフォーカスが当たってるとPCキーボードからの入力が効かなくなる問題だけど、
プラグイン画面の上部のバーの右端にあるPCキーボードのアイコンをオフにすると解決することが分かった。
またプラグインデータベースに追加するときに、これをオフにしておけばその状態のまま保存される。