労働基準法第25条 　
使用者は、労働者が出産、疾病、災害その他厚生労働省令で定める非常の場合の費用に充てるために請求する場合においては、支払期日前であっても、既往の労働に対する賃金を支払わなければならない。

つまり診断書を持っていけば会社側は既に働いた分をすぐに支払う義務があるあくまで法律的にはだけど