国会等の移転に関する法律によると
「国会並びにその活動に関連する行政に関する機能及び司法に関する機能のうち中枢的なもの」
を移転することによって首都機能の移転をはかるとしています
首都直下型地震対策特措法によると
「「首都中枢機能」とは、東京圏における政治、行政、経済等の中枢機能」らしいです
同時に橋本龍太郎首相の答弁によると首都の移転・遷都とは皇室の御動座を伴うものとされ、首都移転ではなく国会等の移転や首都機能の移転とされているのは天皇の御動座を伴わないためとされておおります

以上を考えると首都と首都機能は分離されていて、皇室のいる場所が日本の首都なんじゃないかなあと思います

平成8年6月13日橋龍答弁
>「私は、首都移転というつもりはありません。皇室に御動座をいただく意思はありません。」
>「国会等の移転に関する法律に基づきます検討、それは首都移転あるいは遷都を前提として行われるものではありません。」