斜め読みなんで勘違いかもしれないけどboot.imgの修正はMagiskManagerでやるのでは
なく、#8のコメントにあるツールでboot.imgを吸い出してやれってことじゃないかな
基本的にブートパーティションはroot権限ないと読み込みもできないので、Android上で
rootなしにパッチイメージを作るとかできないと思うのだけど