もう20年くらい、truecrypt時代からディスク丸ごと暗号化して使ってるけど
飛ぶのはディスク自体に問題があるとかそういう事だろうな
俺のオススメは、少容量のパーティションを先頭に作っておいて、２つ目のパーティションを暗号化して使うやり方
こうすると分かりやすいし、Windowsで使っててもフォーマットしますかと聞かれないと思うんだけど