>>332
x264guiExで、ニコ動向けのプリセットを選んでエンコードしてるからだろう。
今のニコ動に動画をアップロードすると、サーバー側で必ず再エンコードされるんだが、その仕様は

　　1.5GB再エンコード問題
　　http://dic.nico●video.jp/id/5439193

にあるようにかなりアホなもので、少しでもマシな画質で再エンコしてもらうためには
それなりに面倒な条件を満たさなくてはならない。そのうちの１つが下限ビットレート。
上記URLの「各画質の作成条件」の表のビットレートのことで、これを満たさないと再エンコのレベルが下がる。

それなりに動く動画であれば下限ビットレートに引っかかることはあまりないんだけど、紙芝居のようなものは
下限ビットレートよりも低いビットレートになりやすいので、その場合x264guiExのニコ動向けプリセットでは
なるべく圧縮率を下げてビットレートを上げようとする。（軽いプリセットにしたりキーフレーム間隔を短くする）

画質が落ちてるっていうけど、ニコ動向けの条件を満たそうとした結果だと思うので、
まずは上記URLの仕様を理解して、自分が条件にあった時間や解像度で動画を作っているか確認。
そのうえでエンコード結果に不満があるなら自分で設定を調整するしかないだろうね。