発言と参照先をまとめたからIssueにある説明をちゃんと読んどけ。

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AviUtlスレで挙がってるL-SMASH WorksのCSおかしいは多分既知(↓)の
ffmpeg/libavの問題ですね。

　Index file is wrong when parsing broken GOP of MPEG-2 Video.(Issue #60)
　https://github.com/VFR-maniac/L-SMASH-Works/issues/60

デコードまでやってindex作ると問題ないが、パケットのヘッダを
軽くパースしただけだと変な状態になるやつ。
https://twitter.com/OumaeKumikoBot/status/892791819683020800
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実際にデコードしてindex作るのはさすがに映像ストリームにはやりたくないんで、
パースするだけにとどめてます。ffmpeg側にパッチ送るうんぬんは
ちょっと状況が複雑で上手く説明できる自信ないし、ffmpeg的に
正しい対処法がよくわからないので、放置プレイかましている状態です。
https://twitter.com/OumaeKumikoBot/status/892792857920131072
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だいたい、ffmpeg/libavのmpeg2 parserさん、最初のフィールドの方しか
見て無くて、もう一方の方見てないんですよね。なのでパケット全体で見ると
フレームなのに、parserから返ってくる値はフィールドっていう
奇妙な状況になってるのです。これはほんと、もう...
https://twitter.com/OumaeKumikoBot/status/892794001643888640
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誰かがffmpegかlibavにパッチ投げればCSの件はだいたい直るんじゃないですかね。
原因はわかってるので、難しいのはffmpeg的に正解のパッチを書いて送ることですね。
https://twitter.com/OumaeKumikoBot/status/892794765342724097
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上のIssueで公開されているffmpegのパッチ
https://gist.github.com/maki-rxrz/5a7a2c789e4369fa34853b5358fb8a29