相手のバトル場に、特性「バンデットガード」がはたらいているフーパがいるとき、自分のアローラキュウコンGXのGXワザ「クリアゲートGX」を使いました。
この場合、アローラキュウコンGXのGXワザ「クリアゲートGX」の効果で、ダメカンをのせ替えることはできますか？

はい、できます。
ただし、フーパは、特性「バンデットガード」の効果で、相手の「ポケモンGX」からワザの効果を受けないため、この場合、アローラキュウコンGXにのっているダメカンをすべてとりのぞき、ワザの処理を終えます。