mkvは多重コンテンツを作成したりするには便利
mkvtoolnixの扱いが楽ので、タイミングやスピードなどの調整が必要なときはほぼmkvでやっている
ただし、タグの類い（ダジャレじゃないよw）はmp4のほうがつぶしが利くので、
あとからffmpegなどでmp4に詰めなおしたりはするかな