流石にカゲチヨはまだ死なんでしょ。あのさよならはアザミに対してのものと解釈。

現時点での回収不完全の要素は
・転移の真相
・オーナーと神谷の関係
・ギバー、響丸の過去
・アヌビスの過去
・ボティスの真形態、過去、グレモリーとの因縁
・示唆だけされてきたラスボス
・スズキの蘇生
・678トリオの裏切り
・3馬鹿が首輪をつけていない理由
・11年前にオーナーが連れ出した3人
・混血児の未判明のDNAやコンセプト
・レイナの行方
・ヒサメとカンナの和解

5章でアザミとトッププレデター関連はあらかた回収されたけど、思いつくだけでもこれだけ残ってる。特にラスボス戦を主人公抜きでやるのはありえない。