3月31日の段階で
「会社に相談した結果まとまったお休み期間を設けることにしました」
「3ヶ月ほどお休みします　7月には戻れそう」

ということだったので、出社もせずに完全に「休職」状態だったのか
カバーの社内規定は知らないが、休職期間の規定はあるはずなので、
その上限が３ヵ月ということだったのか？
それとも、会社は止めたけど、
本人の判断でこれ以上休職していても・・・と身を引いたのか

いずれにせよ、有給を消化し、ボーナスもらって？無事に６月で退職
ということになったのでは
逆算すれば、５月には決定していた話なんだろうね