どういう動画作るか次第だから答えが出ないよ
でも経験上実写収録した後に音声作った方がいい気がする
実写部分は間延びしやすくカットで調整できるが
音声はそうもいかないし、長々と作ることもあんまひないし。
逆にボイロで長々と解説させるのがメインだってのなら
音声作った後に、その解説の尺を意識して撮影しないとダメかもね。まぁそれも一時停止で対応できそうだけどさ。

要は実写部分のカットや一時停止でどうとでもなるので
どっちでもいいと思うよ