分割してもダメってことはaviutlがその動画ファイルを最後までちゃんと読み込めてないってことだな
設定で動画ファイルのバンドル数とかキャッシュサイズとか色々弄ってダメなら他のソフトにするか何か変換ソフトで動画の拡張子変えたり軽くしたり
動画を何か別のプレイヤーで再生してそれを更に分割録画するっていう原始的な方法しかないかな