俺は長時間ものは丸ごと全部取得
ダウンロード（ネット）も
リッピング（テレビ番組）も後で小分けしてる。
タイムスタンプとか1秒単位でずれそうだし。

LosslessCutというアプリ
最初はユーザーインターフェイスで悩むけど
慣れたら楽勝、Mac版も有り。

ttps://forest.watch.impress.co.jp/library/software/losslesscut/

でもこれ、なんとなく処理前にffmpegでmp4等に変換しといた方が良さげだけど