旅券返納したからと言って日本の滞在許可（ビザ）が取り消されるわけではない。
日本政府は、日本の主権でビザを発給して在留カードを渡しているので、在留カードさえ所持していれば合法的に日本に滞在できる。

旅券返納して日本に滞在できなくなる可能性があるケースは、ビザを免除されている国の場合。
その場合は、在留カードが無いので、本人確認ができず国外退去となる場合があるかもしれない。

ロシア人の場合は日本短期旅行でもビザが必要なので、逆にパスポートがあろうとなかろうと、ビザが有効であるかぎり日本に滞在できる。
ロシア政府が旅券返納命令をしたところで、日本政府はその命令に拘束されることはない。
あくまで日本政府の意志でビザ発給＆更新するか否かの判断をするだけ。