今更だけど、単にニコ生の放送をダウンロードしたものを動画とコメント合わせて見たいだけなら、commeon、こめたんぷれいや といったニコ動用再生ツールを使うといいよ。
それ以外にも古いツールはあるけど入手できないことが多い。