ニコ生に限らず、すべてのサイトは映像（動画）とコメントのデーターは別になっている。
ニコ生やFC2ライブ、ビリビリなどブラウザで見ると映像といっしょにコメントが表示されているのはブラウザー上で映像の上にコメントを重ね合わせているからである。
（絵を描いてる人ならレイヤーで映像の上にコメントを表示しているでわかりますね）
よって配信サイトから直接映像とコメントを同時に表示したものをダウンロードすることはできない。
映像とコメントをそれぞれダウンロードしてツールで合成するか、放送自体をブラウザーで表示してそれをキャプチャーするしかない。