アニメやゲーム界隈は完全な業界主義だから、法律よりも業界の空気感が優先される。この業界の空気を知らないとグレーゾーンの取り扱いは理解できないと思うよ。
基本的に二次創作は黙認されている。商用の場合も条件付きで黙認。

アニメの世界観を壊したり、正規品と間違えるような作品（ドラえもん最終回の同人誌など）で荒稼ぎするのは業界の治安維持のためにNG。

しかし、任天堂など大手は業界の健全化のために採算度外視で見せしめ裁判を起こすが、普通のゲームやアニメ会社は厳重注意はしても本気で訴えることはまずないよ。