真面目に考察すると

伊賀忍者なら企業
甲賀忍者なら個人勢
根来忍者ならストーカー
風魔忍者ならアンチ

が裏で糸を引いている感じだと思う
いずれにせよ忍者が捕まれば全てが判明する