>>825
-map 0:vと-map指定無しで試してみましたが、エラーログは出てきませんでした
ffmpeg.exe -i "source.mp4" -c:v copy -c:a copy -loglevel 40 output.avi
で別のフォーマットにエンコードしてみたところ、複数箇所で再生異常が起きる動画はThis may result in incorrect timestamp the output file.というメッセージが出てきました
1箇所だけで異常が起きている動画にはそのようなメッセージが出ませんでした
エンコードされた動画は両方とも音ズレがあり、動画終了数十秒前から無音区間がありました
動画が異常かどうかを調べるために
ffprobe.exe -v error -select_streams v -skip_frame nokey -show_entries frame=pkt_pts_time,key_frame,pict_type -sexagesimal -of csv > output.csv "source.mp4"
のコマンドでキーフレームを書き出して前後の時間差を書き出すスクリプト作ってみます

みなさん回答どうもありがとうございました